酵素的服用方法因個人需求和目的而異。常見的服用方法包括：
日常保養。早上空腹服用一袋酵素，有助於緩解疲勞和提高免疫力。
亞健康改善。空腹時一天服用兩次，每次一袋，可以改善疲勞、睏倦、精神不佳等症狀。
症狀改善。餐前30分鐘或一個小時服用，一天可服用3~4次。
減肥。餐前半小時和臨睡前半小時空腹服用，每天3~4次。
增肥。餐後半小時服用，每天2~3次。
解酒。飲酒前後服用酵素，可以減少酒精對肝臟的影響。
美容。餐前30分鐘空腹服用，有助於皮膚新陳代謝，改善膚色。
兒童服用。3歲以上兒童餐後半小時服用半袋，10歲以上兒童每次1~2袋，每天2次。
直接服用。酵素中含有益生菌、膳食纖維等成分，有助於促進胃腸道蠕動和食物消化。
泡水喝。胃腸功能較弱者可用溫水泡服。
加熱喝。胃腸功能較差者可用熱水加熱後再喝。
冷藏喝。將酵素放入冰櫃冷藏，減少細菌滋生。
咀嚼喝。直接咀嚼酵素有助於促進胃腸道蠕動。
泡酒喝。改善便秘等情況。
需要注意的是，酵素不是藥品，而是輔助身體調節的作用，需要長期堅持服用。服用酵素時應避免與高蛋白食物同食，以免降低活性。此外，酵素應存放在陰涼處，避免高溫和光照。