新三板股票交易的方式主要包括協定轉讓、做市轉讓和競價交易。具體如下：
協定轉讓。這是一種較為靈活的交易方式，允許買賣雙方自行協商交易價格和其他條件，如定價委託和成交確認委託。定價委託是買方或賣方將所交易股票的價格、數量等信息錄入系統，其他投資者可以匹配後進行交易。成交確認委託是買賣雙方私下達成協定，錄入成交約定號進行確認。
做市轉讓。這種方式依賴於做市商，做市商從做市公司處獲得庫存股，當投資者需要買賣股票時，做市商作為中間方，只要是在報價區間內就有成交義務。
競價交易。目前尚未全面推出，初步計劃是與主機板、創業板市場使用相同的競價交易方式，包括集合競價和連續競價兩種方式。
除了這些基本的交易方式，新三板還設定了特定的規則，如股份轉讓限售期、股份交易最低限額、交易須經主辦券商代理、依託新三板代辦交易系統等。具體如下：
限售期。對特定主體持有的股份規定了一定的限售期。
最低限額。每次交易要求不得低於1000股。
主辦券商代理。所有交易手續需經主辦券商辦理。
交易系統。依託於深圳證券交易所建設。
投資者在進行新三板股票交易時，還需要注意相關的交易規則和限制，確保符合法律法規的要求。