新疆地區曾經使用過多種文字系統，主要包括以下幾種：
印度婆羅迷文系的文字，包括焉耆-龜茲文、于闐文、吐蕃文、八思巴文等。
波斯阿拉美字母系的文字，如佉盧文、突厥文、粟特文（包括回鶻文、回鶻蒙古文、托忒文、滿文、錫伯文等）。
漢文，包括漢字和契丹文。
阿拉伯字母系的文字，如哈卡尼亞文、察合台文、維吾爾文、哈薩克文、柯爾克孜文等。
新疆古代最早使用的當地文字有犍陀羅語-佉盧文，起源於古印度西北部的犍陀羅地區，後來成為通行於鄯善、于闐和龜茲等古代王國的官方文字。然而，由於伊斯蘭教的傳入和阿拉伯字母的使用，佉盧文最終在西域消亡，成為「死文字」。
在現代，新疆主要使用的是維吾爾文字，也稱為西里爾字母。維吾爾族使用文字的歷史悠久，9世紀以前曾廣泛使用古突厥字母，而回鶻文從8世紀至13世紀在新疆地區和中亞廣泛使用。20世紀30年代以後，維吾爾文經過幾次改進，最近的一次是在1983年。