日本的原住民主要包括以下幾種：
阿伊努人：阿伊努人是日本北方的一箇原住民族羣，主要居住在北海道、俄羅斯的庫頁島南部、千島羣島以及勘察加半島南端。他們的語言是阿伊努語，有獨特的木架茅屋，被稱爲チセ。阿伊努人是目前日本唯一被官方承認的原住民。
琉球人：琉球人分佈在日本西南部的沖繩縣，過去也被視爲日本的一箇少數民族。但他們現在與日本內地移民混居，大多已經放棄祖先的習俗、語言，甚至連混合琉球語和日語的方言“沖繩話”都少有人會，現在大多已經不這麼認爲了。
八重山人：八重山人分佈範圍爲除與那國島以外的八重山羣島。八重山羣島位於日本的最南端，由12個無人島與10個有人島組成。除了與那國島以外，其餘所有住民都說八重山語。
宮古人：宮古人也是日本的一箇少數民族，分佈在日本最南端的島嶼上。
與那國人：與那國人分佈在日本最南端的島嶼上。
國頭人：國頭人分佈在日本最南端的島嶼上。
衝永良部人：衝永良部人分佈在日本最南端的島嶼上。
與論人：與論人分佈在日本最南端的島嶼上。
以上是日本的原住民，其中阿伊努人是唯一被官方承認的原住民。