日本旗子的故事如下：
日本幕府時期，武藏國井伊氏有個家臣叫稻葉良通，他有一把祖傳的扇子，扇子上畫著日月星辰的神話傳說。他把這個扇子當做家族的象徵，每當家裡有貴客到來時，他都會把扇子拿出來展示。良通還把扇子的畫委託當時的著名畫家長次郎重新繪製。 後來，隨著幕府政治的衰敗和各種社會矛盾的激化，井伊氏家道中落。但是，稻葉良通依舊堅信家族振興無望了，在作畫的時候重新畫上代表日本的八卦與萬字。但是稻葉家又沒有掛畫的繩子了，他急得沒有辦法。突然他想起父親曾對他說過的一句遺言：“在太閤府院牆外晾衣服時，常能看見這個院的龍鳳八卦旗在風中搖擺，聽說曾用紅色的繩子繫著。”而當他得知當初所借之紅繩竟是文月九郎曾用來系幕府將軍大旗上的那一刻，幡然醒悟——從此就借用了日本八卦旗的原版樣式！這也就成為後來日本國徽旗號的原型和始祖。後來在原口氏的書中更詳細地提到了這件事。這件事經過傳揚也廣為人知，在日本被大家認同的說法是：“國旗和軍旗的來歷呢？去問江戶的陰陽師”。
以上就是日本旗子的一個流傳較廣的故事版本，日本歷史上還有許多其他關於日本旗子的故事。