日本的主要航空公司包括：
日本航空公司（Japan Airlines, 簡稱JAL）：成立於1951年，總部位於東京都品川區。它是日本乃至整個亞洲規模最大的航空公司之一，也是"寰宇一家"航空聯盟的成員。
全日空航空公司（All Nippon Airways, 簡稱ANA）：總部位於東京都港區，前身是日本直升機運輸公司和遠東航空公司，在1958年由兩家公司合併而成。ANA是亞洲最大的航空公司之一，也是"星空聯盟"的成員。
富士夢幻航空公司（Fuji Dream Airlines, 簡稱FDA）：以靜岡、名古屋和神戶機場爲基地的支線航空公司，提供小型噴氣式飛機的服務。
天馬航空公司（Sky Mark Airlines, 簡稱SKY）：總部設於東京，經營多條定期日本國內航線，亦有往韓國首爾的國際包機。
星悅航空（StarFlyer）：創立於2002年，總部位於福岡縣北九州市。在顧客滿意度調查中，連續多年獲得國內航空方面第一名。
AIR DO：一家日本的航空公司，提供從那霸機場出發的航班服務。
Solaseed Air：一家日本的航空公司，提供從關西國際機場出發的航班服務。
Jetstar Japan：一家日本的低成本航空公司。
Peach：一家日本的低成本航空公司。
以上是日本的主要航空公司，它們在日本和國際航空市場上都佔有重要地位。