曼哈頓地區的一些大學包括：
哥倫比亞大學（Columbia University），位於曼哈頓上城區晨邊高地。
紐約大學（New York University，簡稱NYU），位於曼哈頓格林威治村。
康奈爾大學（Cornell University），位於曼哈頓的研究型大學，是康奈爾大學的一部分。
雪城大學（Syracuse University），主校區位於曼哈頓地區。
葉史瓦大學（Yeshiva University），主校區位於紐約曼哈頓地區。
福特漢姆大學（Fordham University），位於紐約曼哈頓市中心。
紐約市立城市大學（The City University of New York，簡稱CUNY），曼哈頓中心有多箇校區。
聖約翰大學（St. John's University），紐約市校區位於曼哈頓的上東區。
佩斯大學（Pace University），有兩個獨立校園，分別位於紐約市中心曼哈頓的華爾街和近郊的韋斯特切斯特郡。
此外，還有洛克菲勒大學、紐約工學院、紐約城市大學巴魯克學院等其他高等教育機構。