月亮杯的消毒方法如下：
每次使用前，應先清潔杯子，可以使用水煮5分鐘消毒或者用消毒片消毒。在初次使用月亮杯時，記得先洗手，使用無香味並且溫和的洗手液和水。
每次使用後，應倒空杯子並清潔乾淨。可以使用專用的環保生理杯清洗液，或中性或弱酸性的溫和肥皂或沐浴精和清水徹底沖洗清潔。
經期結束後，同樣需要將杯子清洗乾淨，晾乾後放進產品附贈的保存袋。
外出時，應攜帶一小瓶乾淨的清水或飲用水，在馬桶上清洗取出後的杯子，小心控制水流，並拿好杯體以免掉落。清洗後甩幹並重新置入。
清潔雙手，使用乾淨的手帕、私密處溼紙巾或酒精棉片擦拭。
若不確定水源是否乾淨，建議使用飲用水來清潔月亮杯。
對於漏斗的清潔，每天是2-3次，以專用清洗劑或者是溫和無刺激無香味的肥皂清潔，如女士清潔液。徹底清潔的話可以用異丙醇，也可以把它泡在開水裏2-5分鐘消毒。
在旅行時，請特別注意一定要用活水來清潔，清潔完畢把它裝在購買時贈送的布袋子裏，千萬不要放在塑料袋子裏保存。
請注意，橡膠材質的月亮杯不能煮沸消毒。