木瓜皮苦的原因可能如下：
木瓜未成熟。未成熟的木瓜通常會有苦味，如果木瓜的外表皮還是綠色的，說明尚未完全成熟，煮熟後依然可能帶有青澀的苦味。成熟的木瓜果肉柔軟，容易在運輸或銷售過程中受損，因此瓜農有時會採摘未完全成熟的木瓜。未成熟的木瓜需要放置一段時間或採取催熟措施後食用。
木瓜處理不當。木瓜如果沒有完全清洗乾淨，裡面夾雜著許多的木瓜籽，也可能導致苦味。在削皮過程中沒有完全消除外表皮，也會導致木瓜果肉帶有苦味。因此，在食用前需要去掉外皮和裡面的木瓜籽。
木瓜變質。如果存放時間過長，導致果肉變質、腐爛，口感可能會變苦。
此外，如果榨汁後牛奶木瓜汁放置一段時間後發苦，可能是因為牛奶中的蛋白質和木瓜中的蛋白酶反應生成苦味物質。