《東京食屍鬼》主要講述了在東京街頭，有一種吃人的怪異“食屍鬼”流傳，有著能吞食人類消化器官的異種食屍鬼的出現讓人們陷入恐慌。在某高中生活的平凡少年金木研因為某個契機食下了人肉，從而變成了食屍鬼，並被周圍的人稱為“半食屍鬼”。在經歷種種痛苦與掙扎後，金木研在眾多同病相憐的人的幫助下，逐漸適應了新的生活。然而，他仍無法擺脫身為半食屍鬼的宿命，還要與人類進行各種鬥爭。
故事中，金木研在經歷一系列事件後，逐漸成長為一個有擔當的食屍鬼，同時也面臨著種種挑戰和抉擇。故事通過描繪金木研的成長和掙扎，以及他和周圍人的關係，展現了人性和社會的複雜性和多樣性。同時，故事中也涉及了諸如歧視、友情、責任等主題，具有一定的社會意義。