果蠅是一種小型蠅類，具有以下特點：
體型較小，雌性體長約為2.5毫米，而雄性體長更小，且雄性通常有深色後肢，這是與雌性區分的主要特徵之一。
頭部有一雙大而鮮紅的複眼，這雙複眼由許多小眼組成，使果蠅具有出色的視覺能力，能感知周圍環境。
果蠅的生活周期短，繁殖速度快，且具有明顯的形態學標記和豐富的遺傳操作原件，因此在遺傳學研究中廣泛使用。
果蠅的染色體數量少，性狀變異多，如眼睛的顏色、翅膀的形狀等，這些特點使得果蠅成為遺傳學研究的理想模型。
果蠅的觸角是其主要的感官器官，能夠感知氣味和觸覺，其複眼間的後頭中央微微隆起，形成一個單眼三角區。
果蠅的翅膀較短，前緣脈的邊緣常有缺刻，這些特徵使得果蠅適合短距離飛行。
果蠅的幼蟲體11節，每節具微小鈎狀刺1環。