枸杞的修剪方法主要包括以下幾個步驟：
清基。清除樹體根部生長的萌櫱苗和主幹上生長的徒長枝，保持樹體乾淨整潔。
剪頂。對樹冠頂部生長的直立枝或徒長枝進行疏除或短截，以保持樹冠高度。
清膛。對樹冠內生長的堵光或影響樹體平衡的大中型強壯枝或徒長枝進行短截或疏除，以清理出清晰的層次。
修圍。幼樹時期，對樹冠外圍的強壯枝進行短截修剪，以解決冠層強弱不均、冠層差、主枝側枝的問題，並繼續擴大樹冠。成齡枸杞則對各冠層的果枝進行去舊留新的修剪，剪除老弱枝、病蟲枝、穿膛枝、串條橫條，短截有空間的強壯枝和部分中庸結果枝進行樹冠補空，對老弱枝組更新回縮，培養新的結果枝組。
截底。對樹冠下部距地面高度小於三十五公分的枝條進行長短不參差不齊短截修剪。
此外，選擇合適的修剪時間（春季或秋季，枸杞樹處於休眠期時），使用鋒利的工具進行修剪，以及清理修剪後的枝葉等措施也很重要。在修剪過程中，還需要注意平衡修剪，避免只修剪一側的枝條而忽略另一側，保持樹木的平衡。