製作枸杞酵素的方法有多種，以下是一種常見的製作步驟：
提前一小時接通酵素機機體的電源，啟動空氣淨化滅菌功能。
用電子稱稱取200g糖，加入裝有1.5L純淨水或酵素養水的酵素桶中，溶解待用。
激活菌粉，在量杯中加入適量35℃左右溫水，將1包菌粉倒入其中，靜置溶解。
枸杞子、菊花等食材洗淨。
將處理好的食材和菌粉倒入酵素桶內。
蓋好酵素桶蓋後放入酵素機內，選擇「鮮釀功能」，按開始鍵。
入機12小時後，需每天開蓋攪拌1-2次。
發酵64-72小時左右，嘗試味道，有少於酸苦，帶有痲舌感便可起桶，分裝入瓶，放入冰櫃中保存。
發酵過程中應注意溫度控制，以及觀察發酵情況，適時攪拌。完成發酵後，應將果蔬渣過濾掉，並妥善保存。