植株矮小的原因可能包括：
營養元素缺乏。如缺氮（氮元素對植物生長至關重要）、缺磷（影響細胞分裂和生長）、缺硫（硫元素對某些蛋白質很重要）、缺鋅（鋅元素對葉綠素和生長素合成至關重要）、缺水（水參與大多數植物反應）。
施肥過多。可能導致燒根，影響根系吸收養分，進而影響植株生長。
種植過淺。影響根部和土壤的接觸，減少養分吸收。
病蟲害。如金針蟲、蠐蚴、螻蛄等害蟲和病毒病、茶黃蟎等病害。
種子質量問題。如不適合當地種植、假種子、品種退化等。
土壤問題和病害。如根腐病、除草劑藥害、粗縮病等。
環境因素。如土壤溫度和濕度不適宜、土壤質地和肥力影響根系發育。
遺傳因素。苔蘚植物由於沒有真正的根和輸導組織，無法支持很高的地上部分，因此比較矮小。
此外，植株矮小的原因還有內分泌系統疾病、染色體異常、生長激素缺乏等。