正常微生物群，也稱為正常菌群，是指生活在人體或動物體的體表及與外界相通的腔道中的不同種類和數量的微生物。
這些微生物在正常情況下對人類無害，並且在不同部位如鼻腔、口腔、尿道、陰道和腸道中存在。正常微生物群的生理作用包括拮抗作用、刺激免疫應答、合成維生素、降解食物殘渣等。它們不僅與人體保持平衡狀態，而且菌群之間也相互制約，以維持相對的平衡，在這種狀態下，正常菌群發揮其營養、拮抗和免疫等生理作用。
當某些因素破壞了人體與正常菌群之間的平衡，正常菌群中各種細菌的數量和比例發生變化時，稱為菌群失調。若菌群失調沒有得到有效控制，出現臨床症狀，引起二重感染，稱菌群失調症。人體各部位的正常菌群，離開原來的寄居場所，進入身體的其他部位，或當機體有損傷和抵抗力降低時，原來為正常菌群的細菌也可引起疾病，因此稱這些細菌為條件致病菌或機會致病菌。