水果冬瓜與普通冬瓜之間存在幾個主要區別：
種植方式不同。水果冬瓜通常採用立架栽培技術，使其生長在吊着的藤蔓上，有利於採光和通風；普通冬瓜則採用趴地式栽培，直接放置在地上。
外觀不同。水果冬瓜的表皮通常呈綠色或青綠色，外觀均勻挺直，表面帶有較硬的淺色絨毛，賣相較好；普通冬瓜的表皮一般呈深綠色，外觀不平整，易變形，表面有白色絨毛。
大小和重量不同。水果冬瓜通常較小，一箇成熟的水果冬瓜重量只有一斤多；普通冬瓜個頭較大，重量可達10至20斤。
口感不同。水果冬瓜可以生喫，口感清脆爽口，味道不甜，與黃瓜類似；普通冬瓜口感綿軟清香，需要加熱後食用。
營養價值不同。水果冬瓜由於種植方式的限制，產量通常不高，但營養價值較高，富含維生素和礦物質；普通冬瓜產量高，營養價值相對較低。
上市時間不同。水果冬瓜一般在每年的7至8月上市；普通冬瓜的成熟期通常在每年的8月至10月。
價格不同。水果冬瓜的價格通常比普通冬瓜貴。
這些區別使得水果冬瓜和普通冬瓜在食用方式、口感體驗以及營養需求上有所不同。