水污染的主要原因包括：
工業廢水：工業廢水是水污染的重要原因之一。它占工業排出的污染物的大部分。工業廢水所含的污染物因工廠種類不同而千差萬別，工業除了排出的廢水直接注入水體引起污染外，固體廢物和廢氣也會污染水體。
農業污水：由於耕作或開荒使土地表面疏鬆，大量泥沙流入水中，增加水中的懸浮物。此外，農藥、化肥等使用量日益增多，而只有少量附著或被吸收，其餘絕大部分殘留在土壤和漂浮在大氣中，通過降雨，經過地表徑流的沖刷進入地表水和滲入地表水形成污染。
生活污水：城市污染源是因城市人口集中，城市生活污水、垃圾和廢氣會引起水體污染。生活污水是人們日常生活中產生的各種污水的混合液，包括廚房、洗滌房、浴室等排出的污水。
固體廢物：大量的工業廢渣、城市生活垃圾等被隨意堆放在河流或湖泊附近，其有毒物質會通過滲透作用污染地表水和地下水。
此外，還有一些自然因素如特殊的地質條件使某種化學元素大量富集、天然植物在腐爛時產生某些有害物質等也會造成水體污染，但相對於人為因素來說，自然因素造成的水污染影響較小。