《中華人民共和國水污染防治法》旨在保護和改善環境，防治水污染，保障飲用水安全，維護公眾健康，推進生態文明建設，以及促進經濟社會可持續發展。該法適用於中華人民共和國領域內的江河、湖泊、運河、渠道、水庫等地表水體以及地下水體的污染防治。海洋污染防治則適用《中華人民共和國海洋環境保護法》。
水污染防治的原則包括堅持預防為主、防治結合、綜合治理，優先保護飲用水水源，嚴格控制工業污染、城鎮生活污染，防治農業面源污染，積極推進生態治理工程建設，預防、控制和減少水環境污染和生態破壞。此外，縣級以上人民政府應將水環境保護工作納入國民經濟和社會發展規劃，並對本行政區域的水環境質量負責。
國家實行水環境保護目標責任制和考核評價制度，將水環境保護目標的完成情況作為對地方人民政府及其負責人的考核評價內容。國家鼓勵和支持水污染防治的科學技術研究和先進適用技術的推廣套用，並加強水環境保護的宣傳教育。對於位於飲用水水源保護區區域和江河、湖泊、水庫上游地區的水環境生態保護補償機制，國家通過財政轉移支付等方式建立健全補償機制。
縣級以上人民政府的環境保護主管部門對水污染防治實施統一監督管理，而交通主管部門的海事管理機構則對船舶污染水域的防治實施監督管理。水污染防治法還包括對污染水環境行為的禁止性規定、水污染監測、排污單位及個人的權利和義務等內容。