水磨石瓷磚的缺點主要包括：
價格較高。與普通瓷磚相比，水磨石瓷磚的人工費和鋪設成本更高。
易碎。儘管水磨石瓷磚的硬度較高，但在遭受堅硬物體碰撞時容易留下痕跡或損壞。
容易產生裂紋。由於材料特性和生產工藝的影響，水磨石瓷磚容易出現裂紋，修補起來比較痲煩。
易脫落或起泡。在牆地滲透過程中，由於水分含量大，容易出現起泡或脫落，特別是在濕潤地面上。
防水性能差。水磨石瓷磚比較容易滲透，對於經常與水接觸的地面不是理想選擇。
重量較重。由於是由混凝土製成，一塊水磨石瓷磚的重量大約為5kg，搬運起來較為費力。
使用壽命較短。水磨石瓷磚比較容易風化和腐蝕，使用高腐蝕性的清潔劑可能會加速這一過程。
安裝和維護複雜。水磨石瓷磚的施工過程複雜，且在安裝過程中容易留下縫隙，容易積累灰塵和雜物，增加清洗難度。
不適合高腐蝕環境。水磨石瓷磚不能用於具有高腐蝕性的環境，否則容易被腐蝕，影響使用壽命和美觀度。