水草泥在魚缸中扮演著提供養分和培養有益菌的角色，但隨著時間的推移，它可能會粉化並積累魚糞，形成懸浮膜，這會影響水流，降低水草泥的培養效果，甚至導致水質變壞。因此，水草泥的清洗是有必要的。
手動清理是一種常見的方法，涉及將魚缸中的水減少至一半，以便更容易地看到水草泥的位置，然後用小網或手工將其撈起並放置到容器中，最後再加入新的水，讓魚缸恢復正常水位。吸塵器清理也是一種方法，使用專業設計的吸塵器可以避免傷害魚，並保證吸走魚缸深處的水草泥。另外，添加生化酶可以促進水草泥的分解，幫助魚糞更快地分解，從而不會堆積太多水草泥。
需要注意的是，清洗水草泥時要小心，以免破壞魚缸內的環境或使水草泥過早粉化。清洗後，可能需要重新設立水族缸的環境，包括將所有生物暫時移出，進行全面的大掃除，然後重新啟動缸的循環系統，讓其運行1~2周，再將水生生物放回缸中。