沉木泡水的處理方法主要有以下幾種：
定期換水法。將沉木完全浸泡在水中，大型容器如水桶或水缸中，每7天更換一次水，如果水質變黃，則每天換水兩次，泡3到7天。
沸騰法。對於泡水後效果不佳的沉木，可以使用沸騰處理，條件允許的情況下，用福馬林煮沸沉木至表面顏色發黑，清洗沉木表面的污垢後再泡水半天，若仍有黃水，重複上述步驟直至沉木不黃。
使用蛋白棉。蛋白棉具有強大的吸附能力，能有效去除水中的有害物質和重金屬離子，對於去除黃水非常有效。
水煮法。對於長時間使用過的、鈣化程度高的沉木，可以先進行簡單的刷洗和消毒，若沉木經過一夜浸泡沒有掉色，則可以放入魚缸，水煮30分鐘可以達到滿意的消毒和淨化效果，也可以使用高錳酸鉀進行消毒，但需注意濃度和時間以避免顏色變化。
火烤法。對於掉色的沉木，可以先進行水煮和刷洗，若有新鮮切口，應進行火烤以碳化並避免過快掉色。
這些方法可以根據沉木的具體情況和所需用途來選擇使用。