沉水植物是一種非常重要的水生生態系統組成部分，它們對維持水域生態平衡和改善水質有著顯著的作用。沉水植物的生長對水質有一定要求，因為水質渾濁可能會影響其光合作用。它們通過吸收水分和養分，以及通過其發達的通氣組織進行氣體交換，適應水下氧氣相對不足的環境。沉水植物種類繁多，具有以下多種作用：
維持生態平衡。沉水植物作為水體生態系統的主要生產者之一，能提高水體透明度，吸收底泥中的氮、磷等營養物質，同時分泌化感物質抑制藻類生長。這有助於控制水華現象的發生，維持水體生態平衡。
改善水質。它們能夠吸收底泥和氮、磷物質，促進水體中生物和非生物性懸浮物質的沉澱，從而提高水體的清澈度。
提高水中溶解氧含量。沉水植物通過光合作用能夠釋放氧氣，維持自身以及水中其他生命的呼吸作用。這些植物葉片光合作用產生的氧氣可以輸送至莖和根系，以滿足呼吸和代謝的需要，多餘的氧氣可以擴散到水體中，提高水中的溶解氧含量。
促進生物多樣性。沉水植物為水體中的其他生物提供了棲息地和食物來源，從而促進了水生生態系統的生物多樣性。
此外，它們還具有構建水下森林的作用，提升了景觀效果。在自然環境中，沉水植物的定期打撈清除對於維持水體健康也是必要的。