洋蔥變黑的原因可能有以下幾點：
與金屬離子接觸。當洋蔥與含鐵或鋁的炊具接觸時，或者使用酒精烹煮洋蔥，可能會因洋蔥中的黃酮素與金屬離子反應而產生藍色、藍黑色或棕色等不同顏色的絡合物。
氧化反應。洋蔥中的酚氧化酶和多酚類物質在氧氣的作用下發生氧化反應，產生酶促褐變，導致顏色變黑。
存儲時間過長。隨着時間的積累，洋蔥中可能逐漸產生黑色素，使其更易在煮熟後變黑。
水質影響。水中的礦物質和雜質可能與洋蔥中的化合物反應，導致變黑。
此外，如果洋蔥在儲存過程中變黑，可能表明洋蔥已變質，存在細菌等微生物滋生，對人體健康有害。而在烹飪過程中變黑通常是因爲洋蔥與鐵鍋中的鐵離子以及氧氣發生化學反應，這通常不影響食用，只要儘快食用，一般不會對身體產生危害。