《海綿寶寶》的故事主體是主人公海綿寶寶和好友派大星、鄰居章魚哥以及敵人海霸霸等角色之間的故事。
故事主要圍繞著他們所在的海洋水產村和海底樂園展開。海綿寶寶是主角，他是一個樂觀，善良又有點傻的角色。他總是充滿活力，熱情洋溢，樂於助人，也常常能憑藉自己的力量帶動周圍的人開心起來。而派大星則是一個性格憨厚，大大咧咧，十分可愛的角色。他喜歡各種海洋生物，會和他最好的朋友海綿寶寶一起探險。他們一起經歷了各種有趣的事情，比如製作蟹黃漢堡，抓水母，參加派對等。這個故事也是圍繞這些角色之間的友誼、冒險、生活和成長展開的。