《火影忍者疾風傳》的主題曲有多個，隨著動畫的進行，不同的歌曲被選為主題曲。以下是部分主題曲的名字及其對應的時間段：
《Hero's Come Back!!》——對應英雄歸來的主題，由DJ MITSU作曲編曲，nobodyknows+填詞並歌唱，是火影忍者動畫版疾風傳221~250集主題曲。
《青鳥》——生物股長演唱，是火影忍者疾風傳第274-297集片頭曲。
《螢之光》——生物股長演唱，是火影忍者疾風傳第323-348集片頭曲。
《透明的世界》——秦基博演唱，是火影忍者疾風傳第374-399集片頭曲。
此外，《火影忍者疾風傳》的主題曲還有《Moshimo》《Red and Blue》《Sign》等。