原子彈“小男孩”之所以被稱爲“小男孩”，是因爲它的設計者是美國物理學家羅伯特·賽伯（Robert Serber）。他在爲“曼哈頓計劃”研製的三顆原子彈命名時，根據了炸彈的設計形狀。其中，“小男孩”是一枚鈾彈，其彈體長度只有3米，相比之下，“瘦子”原子彈（別名“馬克2號”或“大男孩”）設計得更瘦長，有5.5米長。由於“小男孩”相對於“瘦子”較小，因此被命名爲“小男孩”。
此外，美國軍隊中曾流傳有一種說法，稱命名“瘦子”的原子彈是向體型瘦長的富蘭克林·德拉諾·羅斯福（Franklin D. Roosevelt）總統致敬，而“胖子”原子彈則是向體型較胖的溫斯頓·丘吉爾（Winston Churchill）首相致敬。然而，這些說法並沒有確鑿的歷史證據支持，因此可以視爲一種創意或幽默。