宗教戰爭的產生背景和原因極爲複雜，通常是在宗教與社會政治生活發生密切聯繫的特定條件下產生的，是宗教因素與政治、經濟、軍事等多種因素綜合作用的結果。具體來說，有以下幾方面原因：
宗教與世俗權力的結合。在中世紀，基督教等宗教的領袖擁有很大的世俗權力，教會或清真寺參與收稅，主持出生、結婚、葬禮等世俗活動。這種宗教與世俗權力的結合導致很多權力鬥爭以宗教戰爭的形式進行。
宗教的排他性。一神教通常具有較大的排他性，不僅不同宗教之間互相對立排斥，即使在同一宗教內部，不同流派之間也會發生爭執。當爭端達到一定程度時，可能升級爲宗教戰爭。
轉移矛盾和籠絡人心。對外戰爭可以在一定程度上轉移內部的矛盾，同時也是信教者表露忠心的機會。一些一神教教義中包含來生或天堂地獄的概念，導致許多信徒樂於通過戰爭來表達忠誠。
信仰的堅定性。對於虔誠的信徒來說，他們深信自己信仰的是唯一的真理。這種信仰的堅定性使得敵對情緒難以化解，導致不同教派之間的爭端可能通過武力來解決。
普遍主義、集體主義和整體主義的社會哲學。不同的宗教和教派有各自對社會和宇宙的不同理解，這些理解往往難以通過邏輯論證來決定真僞，因此可能導致不同宗教之間的戰爭。
總的來說，宗教戰爭往往是由宗教因素與政治、經濟、軍事等多種因素的複雜交織所引發。隨着宗教與政治逐步剝離，宗教戰爭的頻率有所減少。