辣椒之所以會有辣味，主要是因為其內含一種名為辣椒素的化合物。
辣椒素是一種無色或淡黃色的結晶體，是辣椒植物為了自我保護而產生的一種化學物質。這種化合物可以刺激舌頭和口腔內的神經末梢，引起疼痛和灼熱感，這就是感受到的「辣味」。辣椒素能夠與人體中的一種名為TRPV1的離子通道結合，這種通道會傳遞疼痛信號，從而導致感覺到辣味。此外，辣椒的辣味程度還受到品種、成熟度和氣候等因素的影響。同一品種的辣椒在不同生長環境中生長出來的辣度也可能有所不同。
從生物學角度來看，辣椒素的存在是植物的一種防禦機制，可以阻止微生物的生長，減少植物因真菌和其他病原體而受到的損害，從而保護果實和種子。此外，辣椒素對於大多數哺乳動物來說是一種刺激物，它們會因為辣味而避免食用辣椒，這樣也能減少種子被損壞的機會。然而，辣椒素對鳥類幾乎沒有影響，鳥類可以食用辣椒並幫助其種子傳播。這是因為鳥類的感覺系統對辣椒素不敏感，所以它們可以將辣椒種子通過排泄物散布到新的生長地點，有助於植物的繁殖和種群的擴散。