烏魚拜媽祖的故事有多種版本，以下是其中兩個版本：
版本一：
相傳在北宋時期，福建沿海有一位漁民的母親生病了，她向海神媽祖廟許願說要捉一條烏魚做祭品，媽祖就託夢給她說：“你明天到湄州嶼東邊的烏魚港捉一隻烏魚，魚尾要向北風，把頭砍下回家煎食，即可痊癒。”漁民醒來後按夢中所說找到了烏魚並捉回家做了給母親吃了，母親的病果然好了。漁民感激不盡，在媽祖廟燒香磕頭還願。此事傳開後，每年到了烏魚捕獲的季節，漁民都要舉行盛大的祭奠活動。
版本二：
在媽祖的故鄉流傳著這樣一個故事。烏魚拜媽祖的故事發生在湄洲灣。很久以前，湄洲灣漁場有個漁民叫阿發。他捕魚非常勤奮，但因海上天氣變化無常，生活一直貧困。有一天，媽祖來到阿發家，送給他一條烏魚，並教他如何飼養。在飼養過程中，烏魚由小到大，發出“嘟嘟”的叫聲。一天清晨，天空晴朗，海面風平浪靜。阿發高興極了，便帶著烏魚到市場上出售。當出售完畢準備回家時，突然狂風驟起，大海咆哮起來。阿發被困在海邊一塊礁石上無路可走。這時他發現海邊有一群大海豬在遊玩。他想：如果驅趕它們，就會掀起狂風惡浪，對漁民的生命安全十分不利。於是他讓海豬在海邊等著他回去把情況告訴媽祖。當他趕回海灘時，媽祖已帶領眾神仙為烏魚平息了風浪。
以上故事展現了媽祖庇佑百姓的美好願景。這些故事隨著時間的推移逐漸演變成各種祭典儀式和民間習俗。