無機膠水和有機膠水在多箇方面存在顯著差異：
成分不同。無機膠水主要基於無機化合物，如硅酸鹽、鈣化合物、水泥等；有機膠水則主要由高分子有機化合物製成，包括聚酯、聚醚、聚氨酯、聚酰胺、聚乙烯、丙烯酸酯等。
特性和用途不同。無機膠水通常硬度較高、固化速度快、具有防水和耐久性好的特點，主要用於水泥、石材和陶瓷等材料的粘接；有機膠水耐寒、耐熱、粘性強、柔韌性好，可用於多種材料的粘接，如塑料、橡膠、纖維、織物、木材、金屬等，廣泛應用於機械、汽車、造船、建築、印刷、電子等領域。
安全性和環保不同。無機膠水的揮發性通常比有機膠水弱，因此氣味相對不那麼刺鼻，對身體的影響較小；有機膠水聞起來較刺鼻，長期使用可能對身體有一定影響。
便攜度不同。有機膠水通常配有刷子，使用起來更便攜；無機膠水一般需要搭配海綿擦使用，便攜度不如有機膠水。
總的來說，選擇無機膠水還是有機膠水取決於具體的應用需求和安全環保要求。