熊本的三日旅遊行程可以按照以下安排進行：
第一天：
從福岡酒店出發，前往阿蘇火山地區，探索其獨特的自然景觀。
參觀草千里和上色見熊野座神社，體驗當地的文化氛圍。
前往黑川溫泉，享受溫泉的舒適。
第二天：
經過九重夢大吊橋，遊覽由布院。
前往別府地獄，體驗獨特的地理現象。
晚上抵達熊本酒店，休息。
第三天：
早上參觀櫻之馬場城彩苑和熊本城，了解熊本的歷史和文化。
前往稻荷神社和熊本熊部長辦公室，體驗當地的民俗文化。
在勝烈亭享用午餐，之後前往JR熊本站，然後返回福岡JR博多站結束旅程。
以上行程可以根據個人興趣和體力情況進行適當調整。