珠江水系包括34個港口，其中包括：
內河主要港口：南寧港、貴港港、梧州港、肇慶港、柳州港、來賓港、佛山港、清遠港。
沿海主要港口：廣州港、深圳港、珠海港。
地區重要港口：文山港、黔西南港、黔南港、黔東南港、百色港、崇左港、河池港、雲浮港、中山港、東莞港、江門港、韶關港、惠州港。
一般港口：昆明港、曲靖港、玉溪港、紅河港、六盤水港、安順港、桂林港、賀州港、玉林港、河源港。
截至2022年底，珠江水系內河港口擁有生產用碼頭泊位1791個，年綜合通過能力6.52億噸，貨櫃年通過能力1747萬TEU，旅客年通過能力4252萬人次。沿海港口擁有生產用碼頭泊位670個，年綜合通過能力9.33億噸，貨櫃年通過能力4964萬TEU，旅客年通過能力6274萬人次。珠江水系擁有內河運輸船舶13529艘，貨船淨載重量2492萬噸，載客量8.2萬客位。貨船平均噸位從2016年底的1236噸發展到2022年底的2067噸，增長67.3%。船舶專業化、標準化、大型化趨勢明顯。2022年珠江水系四省（自治區）完成水路貨運量13.90億噸，珠江水系34個港口全港完成貨物吞吐量18.16億噸，長洲樞紐船閘完成貨運量1.55億噸。