《生化危機3：滅絕》的故事發生在《生化危機2》的數年之後，遊戲的主角是威斯克召喚來的新的S.T.A.R.S成員，一位名叫吉爾的漂亮女警。
本作的故事並非是直接承接《生化危機2》的，但我們可以確定的是，在《生化危機3》中，有多個關鍵的劇情點是直接與《生化危機2》密切相關的。 遊戲中出現的威斯克為救吉爾而發生改變的建築就是從《生化危機》一代中出現的那座被水浸透的博物館。 另外還有GDI，該組織也在《生化危機》一代中出現過，他們是少數能在混亂世界局勢中獨善其身的外國科研組織。在遊戲中亦有他們的出現，可以為遊戲和外部環境的事件引入更巨觀的角度。
請注意，對未玩過前傳或前作的玩家來說，可能會出現劇情跳躍，影響遊戲體驗。以上信息僅供參考，建議在遊玩前查詢相關攻略或諮詢資深玩家。