生物工程系是在1954年創建的抗菌素製造工學專業的基礎上發展起來的。最初的專業名稱為「抗菌素製造工學」，1980年改名為生化工程系，1999年更名為生物工程系。這個系被譽為中國抗生素製造人才培養的搖籃，為中國抗生素工業的建立和壯大做出了歷史性的貢獻。生物工程系所轄的生物工程專業在2008年被教育部批準為生物工程國家特色專業。
生物工程是指利用生物體系，套用先進的生物學和工程技術，為人類提供所需產品或達到某種目的。隨著專業的發展，生物工程系在基因工程藥物開發、動植物細胞培養、海洋生物技術、發酵工程、生物產品提取純化、生物醫藥工程設計等諸多領域開展教研活動。該系依託生物反應器工程國家重點實驗室和國家生化工程技術中心（上海），並設有生物化工、發酵工程兩個博士點，以及發酵工程、生物化工、微生物學及海洋生物學4個碩士點。科研與教學梯隊充滿活力，專業教學經過長期實踐與提煉，形成了「堅持生物學、工程學兩個基礎，順應生物工程寬口徑的發展與需求，注重培養學生的工程技能和創新能力訓練，堅持產學研互動的教學模式」，切合高素質生物工程專業人才培養的目標。
經過半個多世紀的發展，生物工程系培養造就了一大批包括院士、知名企業家等，活躍在國內外的生物工程教學、研究、生產領域的專門人才，為我國生物工程產業的發展和壯大做出了貢獻，樹立了我校生物工程專業在國內外的良好聲譽。