生態環境部的主要職責包括：
建立健全生態環境基本制度。這包括會同有關部門擬訂國家生態環境政策、規劃，並負責組織實施。
監督管理國家減排目標的落實。組織制定陸地和海洋各類污染物排放總量控制、排污許可證制度，並監督實施。
負責重大生態環境問題的統籌協調和監督管理。這包括牽頭協調重特大環境污染事故和生態破壞事件的調查處理，指導協調地方政府對重特大突發生態環境事件的應急、預警工作。
負責環境污染防治的監督管理。制定大氣、水、海洋、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等的污染防治管理制度並監督實施。
指導協調和監督生態保護修復工作。組織編制生態保護規劃，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作。
負責核與輻射安全的監督管理。擬訂有關政策、規劃、標準，並牽頭負責核安全工作協調機制有關工作。
負責提出生態環境領域固定資產投資規模和方向、國家財政性資金安排的意見，並按國務院規定權限審批、覈准國家規劃內和年度計劃規模內固定資產投資項目。
參與指導推動循環經濟和生態環保產業發展。
負責生態環境保護目標責任制的實施。
此外，生態環境部還負責監督管理飲用水水源地生態環境保護工作，組織實施區域大氣污染聯防聯控協作機制，以及參與生態保護補償工作等。