生物燃料的製作過程主要分為以下幾個步驟：
原料處理。生物燃料的主要原料包括植物油、動物油、木材、木屑、鋸末、秸稈、麥草、玉米秸稈等。原料需要經過清洗和粉碎或剁碎處理，以去除雜質和不利成分，並轉化為適合進一步處理的形態。
發酵處理。處理後的原料進行發酵處理，轉化為生物燃料的粗品。這一步驟涉及使用合適的微生物（如酵母菌、細菌等），並嚴格控制溫度、pH值、氧氣含量等參數。
精煉處理。發酵處理後的粗品需要經過精煉處理，以獲得純淨的生物燃料產品。精煉處理包括分離、脫色、脫臭等過程，常用分離方法是蒸餾。
後期處理。生產過程中產生的有害物質，如廢水、廢氣等，需要進行中和、沉澱、吸附、過濾等處理，以達到排放標準或資源化利用。
顆粒製造和乾燥。對於生物質顆粒燃料，原料處理後需進行壓縮成顆粒狀，然後進行乾燥處理，以達到一定的乾燥度。
篩分和包裝。乾燥後的顆粒進行篩分，剔除不規則顆粒，然後進行包裝和銷售。
此外，對於醇基生物燃料的生產，還需經過催化轉化步驟，將發酵液中的乙醇等醇類物質轉化為燃料級別的醇基燃料。整個生產過程中，質量控制至關重要，以確保最終產品的質量和純度。