留抵稅額的會計分錄主要涉及以下幾個方面：
上期留抵稅額的會計分錄。當企業本期進項稅額大於銷項稅額時，會產生留抵稅額。本月抵扣上期的留抵稅額的會計分錄為借：「應交稅費-應交增值稅(轉出未交增值稅)」，貸：「應交稅費-應交增值稅(轉出)」；同時，借：「應交增值稅-應交稅費(銷項稅額)」，貸：「應交稅費-應交增值稅(轉出未交增值稅)」。
結轉應繳納增值稅。借：「應交稅費-應交增值稅轉出未交稅費」，實際繳納時，借：「應交稅費-應交增值稅」，貸：「銀行存款」。
增值稅期末留抵退稅業務的會計處理。經稅務機關核準的允許退還的增值稅期末留抵稅額，以及繳回的已退還的留抵退稅款項，通過「應交稅費——增值稅留抵稅額」明細科目進行核算。納稅人收到留抵退稅款項時，借：「銀行存款」，貸：「應交稅費——增值稅留抵稅額」。
繳回留抵退稅款項的會計處理。繳回留抵退稅款項時，借：「應交稅費——增值稅留抵稅額」，貸：「銀行存款」。
這些分錄確保了留抵稅額在企業會計處理中的準確記錄和妥善管理。