番茄常見的病害包括：
白粉病：特徵是葉片表面出現白色霉層。
葉霉病：葉片正面出現黃色斑點，葉片背面有褐色霉層。
灰霉病：以灰色至褐色霉層為標誌，可感染花、葉、果實、莖桿。
炭疽病：青果感染，成熟時爆發。
早疫病：特徵是年輪狀病斑。
晚疫病：來勢兇猛，傳染速度快，以水漬狀病斑為標誌。
青枯病：主要危害葉片，導致新葉枯萎，後期葉片枯萎，色淡。
細菌性斑點病：葉柄和莖染病產生黑色水漬狀圓形斑點。
棉鈴蟲：幼蟲蛀食番茄植株的蕾、花、果，引起腐爛脫落。
花葉型病毒病：主要危害葉片，導致葉片黃綠相間條斑，凹凸不平，植株矮化。
黃化曲葉病毒病(TY病毒)：植株發病後，頂葉捲曲，植株矮化。