疏水相互作用是分子間的一種相互作用力，主要發生在非極性分子之間，這種相互作用導致非極性分子彼此靠近，以避開水的接觸。
在蛋白質摺疊過程中，疏水相互作用是一個重要的驅動力，在這種情況下，蛋白質中的疏水側鏈聚集在蛋白質的內部，而不是被水溶劑化，這有助於蛋白質保持穩定，並確定其三維結構。疏水相互作用的發生是因為水分子之間的相互作用比水與其他非極性分子之間的作用更強，因此非極性側鏈會避開水分子聚集在蛋白質的內部，而極性側鏈則留在蛋白質表面與水接觸。
此外，疏水相互作用還會導致周圍水分子結構的變化，例如形成籠狀水合物，這是一種特殊的包含疏水分子的結構，其中的水分子通過氫鍵形成一個類似籠子的結構。這種現象在生物體系中廣泛存在，對蛋白質的結構和功能有顯著影響。