疾控改革的方向主要包括以下幾個方面：
保障國家公共衛生安全。疾控機構應提升對重大傳染病和突發公共衛生事件的應對處置能力，包括加強監測預警能力和實驗室檢驗檢測能力。在經歷新冠疫情後，應繼續強化流行病學調查和大數據套用方面的培訓，以保持應對能力。
全周期健康監測和干預。疾控工作應覆蓋全人群，強化已有功能、補齊短板，在全生命周期疾病預防與控制方面發揮更大作用。
促進經濟社會發展。疾控機構在食品、保健品、消毒產品、生物醫藥等領域的工作還有很大拓展空間，應當在促進新質生產力方面有所作為。
國際公共衛生治理中的角色。疾控改革還強調疾控機構在國際公共衛生治理中的作用，為促進全球衛生健康事業發展貢獻中國方案。
高質量發展和協同聯動。提高現有公共衛生工作的質量和效果，利用信息化、數位化手段進行更精細化的監測和干預。同時，強化衛生健康系統和疾控系統之間的醫防融合、醫防協同。
構建集中統一的組織領導體系和系統完備的職責職能體系。這包括成立專門的疾控局和管理機構，內設多個科室以覆蓋不同的公共衛生職能。
提升重大傳染病的疫情監測能力和「平急結合」的公衛服務能力。這涉及規範傳染病監測預警工作，完善傳染病報告組織體系，以及提升應急處置能力。