白沙屯媽祖神蹟故事是媽祖救海疆的故事。媽祖救海疆的故事主要是針對一個灣潮情勢特殊，自古常有洪患。一天夜裡，暴雨狂風過後，天麻麻魚蝦都游回大海，海灣水位驟然上升，高過民房屋頂，村人急得無法，祈求媽祖保佑。媽祖立即顯靈，指示地方官員修築海堤防禦。當時群眾不理解，媽祖為他們做了夢示，眾人才恍然大悟，紛紛前來請求幫助修築堤防，共請神願。工程浩大，雖逢荒年，群眾一氣呵成。到海水退去之日，新建的大閘剛好露出兩尊龍柱。人們便在這兩座龍柱的根基處建立廟宇，永祀海神。
在媽祖殿西殿後一座樓上的一尊宋井石雕石龜版上有刻一經卷，這是一部唐總章二年（669）的海神詔書，是媽祖的歷史見證。在媽祖殿西南一條通往大嶼山的古道旁，有一口古井，井水清澈甘甜，且永不枯竭。井旁有一塊石碑，上刻“敕建玄應水府”字樣。井旁有一棵古榕樹，枝繁葉茂。這些都是白沙屯媽祖神蹟的重要歷史文物。
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