酶分子改造的方法主要包括以下幾種：
金屬離子置換修飾：通過改變酶分子中所含的金屬離子，如Ca2+, Mg2+, Mn2+, Zn2+, Co2+, Cu2+, Fe2+等，使酶的特性和功能發生改變。
大分子結合修飾：利用水溶性大分子與酶結合，如右旋糖酐、聚乙二醇、肝素、蔗糖聚合物、聚胺基酸等，使酶的空間結構發生精細改變，從而改變酶的特性與功能。
酶主鏈水解修飾（肽鏈有限水解修飾）：通過酶切或酶原激活法，使酶的肽鏈經有限水解，改變酶的空間結構，從而改變酶的特性和功能。
酶分子的側鏈基團修飾：採用化學方法使酶蛋白的側鏈基團發生改變，引起酶蛋白空間構象的改變，從而改變酶的特性和功能。
生物酶工程法：通過基因定點突變技術，把酶分子修飾後的信息儲存在DNA中，經過基因克隆和表達，獲得具有新的特性和功能的酶。
以上方法可以根據具體情況選擇，同時應注意採取一些保護性措施來儘量維持酶的穩定性及得率。