知道柯南身份的人有：
阿笠博士：柯南告訴他自己的身份。
工藤優作和工藤有希子：從阿笠博士處得知柯南身份，是新一的父母。
灰原哀（宮野志保/雪莉）：曾是黑衣組織的科學家，研發了毒藥APTX4869，自己也服用該藥物身體縮小後背叛組織逃亡，寄宿在阿笠博士家，通過調查及阿笠博士告知得知柯南身份。
服部平次：通過推理得知柯南身份。
宮野明美：臨死前由柯南親口告知其身份。
怪盜基德：通過配合默契的推理得知柯南身份。
鈴木園子：讀取了柯南腦中的信息從而得知了他的真實身份。
貝爾摩德：黑衣組織的成員，通過自己的調查得知柯南身份。
世良真純與赤井瑪麗：因為十年前曾與新一相遇，留下深刻印象，後來通過柯南的言行推理得知其身份。
安室透：通過推理得知柯南身份，但動畫中並沒有明確說明。
此外，還有苦艾酒、本堂瑛祐、沖矢昂（赤井秀一）、伊東末彥、魯邦四人組等也知道柯南的真實身份。