硝化細菌的正確使用方法包括以下幾個步驟：
提供濾材。硝化細菌需要附著在濾材上才能發揮作用，因此確保有足夠的濾材是非常重要的。
控制溫度。硝化細菌在5到40攝氏度的溫度範圍內可以存活，理想的工作溫度是20到35攝氏度。一般來說，只要水面沒有結冰，就不需要過分擔心溫度問題。
確定用量。不同品牌的硝化細菌有不同的推薦用量。一般來說，開缸時用量應加倍，日常換水時則根據魚缸情況適量添加。
激活硝化細菌。開缸時，硝化細菌需要食物（如闖缸魚、舊濾材或菌糧）和氧氣，以確保其生長。確保水泵充分循環，也可以配合使用氧氣泵。
建立硝化系統。在魚缸中設定良好的過濾系統，包括機械過濾和生物過濾，如過濾棉和陶瓷環或生物球，硝化細菌會附著在這些材料上生長。
初始化周期。在魚缸運行初期，需要經歷一個被稱為「初始化」或「魚缸循環」的周期，以建立硝化細菌的種群。這個周期可能需要幾周時間，期間應監測氨和亞硝酸鹽的水平，確保它們保持在安全範圍內。
定期監測水質。使用水質測試套件定期檢查氨、亞硝酸鹽和硝酸鹽的水平，確保這些指標在安全範圍內，以保護魚類健康。
保持穩定的環境條件。硝化細菌對環境變化敏感，因此保持水溫、pH值和其他水質的穩定對維持其健康和活性至關重要。
避免過度投餵。過量魚食會導致有機物積累，破壞硝化系統的平衡，可能導致氨和亞硝酸鹽水平升高。