碘液與澱粉反應的原理主要涉及到澱粉分子的結構和碘分子的化學性質。澱粉是一種由葡萄糖分子組成的多糖，具有分支的聚合結構。當碘液與澱粉接觸時，碘分子會進入澱粉分子的聚合結構中，形成碘化澱粉。
在這個過程中，碘離子與澱粉分子中的氧原子形成氫鍵，使得碘離子被穩定地包裹在澱粉分子的結構中。這種反應會導致澱粉溶液從無色變為藍色或紫色，這是由於碘化澱粉的形成導致的。當碘分子與澱粉分子結合時，它們之間的電子轉移導致了能級的變化，從而使得吸收和反射光譜發生改變，表現為藍色或紫色的色彩。
此外，澱粉與碘生成的包合物在常溫下pH=4時最穩定，顯色反應在微酸性溶液里最明顯。