磁懸浮技術的缺點主要包括：
造價高昂。磁懸浮系統的建設和運營成本較高，初期投資大，這使得它不適合用於短距離運輸。
技術風險。磁懸浮技術在工程應用中尚不成熟，存在技術風險和挑戰。
對電力依賴性強。磁懸浮系統需要穩定的電力供應，斷電可能導致嚴重安全事故。
運輸能力有限。與傳統鐵路相比，磁懸浮的運輸能力較小，難以滿足大規模運輸需求。
難以兼容現有鐵路設施。磁懸浮系統難以與既有鐵路網絡互聯互通，限制了其應用範圍。
信號和制動系統的安全可靠性需長期驗證。磁懸浮列車的信號和制動系統在突發狀況下的可靠性有待考驗。
不適用於惡劣自然條件及長距離使用。磁懸浮技術在惡劣環境下的性能和長距離使用的適用性有待進一步驗證。