磷酸吡哆醛是一種重要的輔酶，主要參與胺基酸代謝過程中的關鍵反應，包括但不限於：
轉氨基作用。磷酸吡哆醛作為轉氨酶的輔酶，促進穀氨酸脫羧，進而生成γ-氨基丁酸(GABA)，這是一種抑制性神經遞質。
鳥氨酸循環。作為鳥氨酸循環的關鍵輔酶，磷酸吡哆醛參與尿素循環，幫助將胺基酸轉化為對人體有益的化合物。
血紅素合成。磷酸吡哆醛是合成血紅素的關鍵酶的輔酶，對維持血液健康至關重要。
糖原分解。磷酸吡哆醛參與糖原的分解代謝過程。
類固醇激素作用終止。磷酸吡哆醛能夠將類固醇激素-受體複合物從DNA中移去，終止這些激素的作用。
此外，磷酸吡哆醛還具有抗氧化、抗炎和清除自由基的作用，能夠提高人體對胰島素的敏感性，降低血糖水平，並對胰島細胞的功能改善有顯著作用。在醫學上，磷酸吡哆醛被用於治療某些神經系統疾病，如兒童癲癇和帕金森綜合症。