神舟九號的功能作用主要包括以下幾點：
執行追蹤飛行器、交會對接：神舟九號與神舟八號在任務上並無二致，都需要執行追蹤飛行器和交會對接的任務。神舟九號面臨的新突破是攻克「人控手動」的難點，與在軌運行的天宮一號目標飛行器進行載人交會對接。
提供載人環境和上行載荷：神舟九號不僅要為天上的目標飛行器送人送貨，還要將天宮一號上的部分物品帶回來，是第一次全面實現天地往返運輸。
天地往返運輸系統的要求：這套手控交會對接系統瞄準的是未來空間站的建設，所有產品都在原來飛船的基礎上進行了升級換代，具備交會對接能力和上行300公斤載荷的能力，完全適應未來空間站天地往返運輸系統的要求。
載人航天工程第二步任務：神舟九號任務圓滿成功標誌著載人航天工程第二步任務取得了重大成果，為今後的載人航天的發展、空間站的建設奠定了良好的基礎。
驗證組合體最長飛行支持能力：神舟九號的獨立飛行時間與神八相同，正常情況下獨立飛行3天，在應急情況下可以獨立飛行5天；組合體停靠時間由神八的14天變為10天，目的是驗證組合體最長飛行支持能力。
交會對接環境：神九載人交會對接在全陽照區間進行，由於太空各種光波對交會對接測量設備會造成干擾，在這樣的環境下完成交會對接，其難度要遠比神八大得多，交會對接設備將接受一次嚴峻異常的考驗。
手動控制交會對接技術：神九的航天員將第一次進行手動控制飛船，並進行手控交會對接，充分體會駕駛飛船的感覺。
以上就是神舟九號的主要功能作用。