程式檔案格式有多種，根據不同的作業系統和設備類型，常見的格式包括：
Windows。EXE（執行檔）、MSI（Microsoft Installer，一種安裝包）、AppX（針對通用Windows應用程式的安裝包）。
行動裝置。如iPhone的IPA、Android的APK、諾基亞的Symbian SISX、黑莓的JAR、Windows Mobile的CAB、Palm OS的JAR、Linux的RPM和DEB等。
網頁套用。如HTML、CSS、JavaScript等。
此外，還有針對特定類型的檔案，如文本（TXT）、文檔（DOCX）、電子表格（XLSX）、演示文稿（PPTX）、圖像（BMP、JPG、PNG）、視頻（MP4）等。每種格式都有其特定的用途和特點，例如，EXE格式適用於Windows環境，可以包含自定義安裝選項和界面；APK是Android平台的應用程式包，通常用於安裝Android套用；IPA是iOS平台的應用程式包，通常用於安裝iOS套用。