紫靈芝的烹飪方法有多種，以下是幾種常見的做法：
紫靈芝燉排骨。首先將排骨洗淨，冷水下鍋煮2~3分鐘去血水，然後將排骨和紫靈芝一起放入煲湯鍋中，加入足量水，大火燒開後轉小火燉煮1.5小時，可以加入紅蘿蔔繼續煮半小時，最後加鹽調味。
紫靈芝山藥湯。將紫靈芝和山藥洗淨，紫靈芝掰成小段或切成片，山藥切成滾刀塊，在砂鍋中加入1000毫升水，放入紫靈芝和山藥，大火煮開後轉小火煮30分鐘。
紫靈芝煮水。將紫靈芝片放入砂鍋中，加入1000毫升水，大火加熱至開鍋，然後小火煮約300毫升，將靈芝水倒入杯中即可飲用，剩下的材料可以保存後再次煮水。
在烹飪過程中，需要注意使用乾淨的水，避免使用銅、鋁、鐵鍋，以免產生有毒物質，同時，紫靈芝的味道可能較苦，如果不能接受，可以先用靈芝熬水，反覆兩遍，熬好的水可以直接飲用，剩餘的靈芝再用於煲湯，這樣可以使湯不苦，還有甘甜的味道。